Общественный транспорт в городе представлен автобусами, маршрутками. Также работают службы такси. На автовокзал Ханты-Мансийска прибывают рейсовые автобусы из Тюмени, Нефтеюганска и других городов региона.
В период речной навигации по Иртышу и Оби курсируют пассажирские теплоходы. На речном транспорте можно добраться до Салехарда, Березова, Игрима.
